Вы самостоятельно определяете, какие разделы и подразделы каталога должны отображаться в блоке «Популярные категории».
Откройте в редакторе карточку раздела, который нужно добавить на главную страницу, перейдите на вкладку «Доп. поля», установите галку «Популярная категория» и сохраните изменения. Отмеченные таким образом элементы каталога появятся в соответствующем блоке.