Отключите режим AJAX в настройках каталога.
Перейдите в каталог в режиме правки и нажмите всплывающую кнопку с шестеренкой, чтобы войти в режим редактирования параметров компонента каталога.
Перейдите к пункту «Управление режимом AJAX» и снимите галочку в поле «Включить режим AJAX». Сохраните изменения и для надежности обновите кеш компонентов в верхнем меню администрирования Битрикс.
В результате вернется левое меню и умный фильтр, а ссылки на разделы и подразделы каталога станут формироваться одинаково правильно при переходах из любых частей сайта.