Логика работы интернет-магазина такова, что если для товара назначено несколько типов цен и покупателю разрешено приобретать товары по цене любого из них, в корзину будет помещаться объект с наиболее выгодной ценой среди доступных.
К примеру, на скриншоте в корзину попадет товар стоимостью в 5714 р.
Отключить отображение одного из типов цен в публичной части сайта не достаточно. Необходимо в свойствах типа цены назначить права доступа группам пользователей. Сделать это можно в Магазин → Настройки → Цены → Типы цен. В списке выберите тот тип цены, доступ к которому нужно ограничить. В редакторе назначьте права на покупку и при необходимости на просмотр.
Отображение товара с правами на просмотр оптовой и розничной цены:
Оформление заказа в случае отсутствия прав на покупку по оптовой цене:
Оформление заказа после предоставления прав на покупку по оптовой цене: